Lily dan Mr. Puingpuing (I)

Aku kurang begitu pintar soal mata kuliah. Apalagi mengenai mata kuliah yang aku ambil semester 6 ini, salah satunya mata kuliah kimia organik bahan alam, atau biasa aku dan teman yang senasib denganku mengambil mata kuliah ini memanggilnya ¨KOBA¨. Tapi ada sedikit ide berbagi ilmu -tepatnya berbagi kesusahan- dengan kalian pembaca mengenai bagian mata kuliah ini.. akan aku coba kemas dalam bentuk yang lebih sederhana…

Selamat membaca :D

Ini tanggal 5 Juni 2013.

Suatu hari yang lumayan panas dan sedikit mendung. Dalam artian sedang mengalami pancaroba, seekor lebah madu bernama Lily baru saja mengemas barang bawaan kuliahnya dari ruangan yang mulai panik dengan makhluk yang juga antusia mengakhiri pelajaran. Pantas, kuliah 3 SKS yang baru saja selesai membuat kantuk setengah badan. Terasa duduk tanpa kepala, tanpa otak tepatnya.

Lily ini agak bantat dan sterik, menyebabkan kecepatan bergeraknya sangatlah buruk. Yak setidaknya dia masih bisa mengalahkan temannya Eren dalam hal mengkhayal. Dia tidak bergegas menuju pulang, melainkan melanjutkan penyiksaan dengan kuliah 6 SKS lainnya.

Kelas sudah penuh dengan mata-mata yang siap menerkam pelajaran dengan semangat. Si Eren jelas belalang yang bertubuh jangkung dengan kacamatanya duduk disamping Lily dengan siap. Dilihat lagi Rinso –bukan merk detergen- si ulat bulu tengah bersiap dengan pulpen dan buku catatan super lengkapnya. Dan beberapa hewan lain yang tak bisa disebutkan namanya. Dari mulai sejenis unta sampai amoeba. :p

Ini baru detik kelima setelah jam kuliah masuk, seketika Penghuni syok dengan datangnya dosen KOBA kedalam kelas. Ah, Mr. Puingpuing –nama yang keluar begitu saja- datang dengan membawa setumpuk buku tebal nian menjulang. Mr.puingpuing ini dikenal sangat ketat loh. Bukan celananya, melainkan caranya mengajar. Akhirnya dalam hitungan detik ke-enam, semua Penguin bermuda pucat dan gemecar. Termasuk Lily. Lily ini agak somplak otaknya, loadingnya super lelet untuk masalah kuliah. Dia hanya bisa diam, pasar menerima apapun bentuk siksaan yang Mr.puingpuing akan berikan. Yang penting aku duduk brsebelahan dengan Eren, hihi. Batinnya. Mereka memang jarang duduk bersebelahan, Eren tidak begitu suka duduk dibarisan paling depan. Kadang Lily duduk di sabang, dan Eren di merauke. Eh!

Mr.puingpuing mulai bercakap. 

Kita akan mulai mengenai materi… (Cahaya muncul begitu silau di depan para plajar, ditambah sedikit kilat dan backsound drum)

Jeng jeeeeeeng….

MICROBAL NATURAL PRODUCT

Atau sederhananya menganai metabolit primer dan sekunder  Atau sederhananya menganai metabolit primer dan sekunder dalam suatu mikroba..

Mr. Puing : ¨Apa yang dimaksud denga metabolit primer dan sekunder?¨

tangannya menunjuk salah satu yang duduk dibelakng Lily. Entahlah itu siapa, yang jelas Lily benar-benar tidak bisa memutar lehernya untuk berbalik, dia terlalu ngantuk dan panik.

Jawab : ¨ Metabolit primer adalah Senyawa yang secara langsung memiliki fungsi yang terlibat dalam proses metabolisme utama, jalur katabolisme dan anabolisme pada makhluk hidup, ukuran relatif besar dan banyak. Jadi sifatnya universal karena berhubungan langsung dengan energi. Contoh karbohidrat, protein, lemak dan asam amino biasanya dikonversi menjadi suatu energi dalam makhluk hidup pak!

Kalau metabolit sekunder itu adalah metabolit yang lebih bersifat spesifik pada makhluk hidup pak, misal karena adanya stress dari luar memicu enzim atau hormon tertentu , sehingga mengakibatkan makhluk tersebut menghasilkan suatu zat tertentu dan ukuran relatif kecil dan sedikit. Dan sifatnya gak berhubungan sama enaergi loh pak!¨

Mr. Puing : ¨kemudian bagaimana pembagian jalur biosintesisi yang terjadi dalam mikroba, antara metabolit primer dan sekunder?¨

Jawab : ¨ jalur  biosintesisi yang terjadi dalam makhluk hidup, contohnya mikroba dibagi dalam tiga jenis pak!

1.      The Embden Meyer Horff Pathway

Salah satunya atau nama lain dari jalur ini adalah glikolisis.

Glikolisis adalah salah satu proses metabolisme yang paling universal yang kita kenal, dan terjadi (dengan berbagai variasi) di banyak jenis sel dalam hampir seluruh bentuk organisme. Proses glikolisis sendiri menghasilkan lebih sedikit energi per molekul glukosa dibandingkan dengan oksidasi aerobik yang sempurna. Energi yang dihasilkan disimpan dalam senyawa organik berupa adenosine triphosphate atau yang lebih umum dikenal dengan istilahATP dan NADH.

Lintasan glikolisis yang paling umum adalah lintasan Embden-Meyerhof-Parnas (EMP pathway), yang pertama kali ditemukan oleh Gustav Embden, Otto Meyerhofdan Jakub Karol Parnas. Selain itu juga terdapat lintasan Entner–Doudoroff yang ditemukan oleh Michael Doudoroff dan Nathan Entner terjadi hanya pada sel prokariota, dan berbagai lintasan heterofermentatif dan homofermentatif.

Ringkasan reaksi glikolisis pada lintasan EMP adalah sebagai berikut:

2.      The Entner-Doudoroff Pathway

menggambarkan serangkaian alternatif reaksi, katabolize glukosa menjadi piruvat dengan menggunakan satu set enzim yang berbeda dari yang digunakan baik dalam glikolisis atau jalur fosfat pentosa. Kebanyakan bakteri menggunakan glikolisis dan jalur fosfat pentosa. Jalur ini pertama kali dilaporkan pada tahun 1952 oleh Michael Doudoroff (1911-1975) dan Nathan Entner. Kayak begini pak !

Ada beberapa bakteri yang menggantikan glikolisis klasik dengan Pathway Entner-Doudoroff. Mereka mungkin kekurangan enzim penting untuk glikolisis, seperti fosfofruktokinase-1. Jalur ini biasanya dapat ditemukan di

-Pseudomonas,

- Rhizobium,

- Azotobacter,

-Agrobacterium, dan beberapa genera Gram-negatif lainnya.

Sangat sedikit bakteri Gram-positif memiliki jalur ini, dengan faecalis Enterococcus menjadi perkecualian yang langka. Kebanyakan organisme yang menggunakan jalur adalah aerob karena ATP hasil yang rendah per glukosa. 

3.      The Hexose Monophosphate (HMP) Pathway

Jalur pentosa fosfat (juga disebut jalur phosphogluconate dan monofosfat shunt heksosa) adalah proses yang menghasilkan NADPH dan pentosa (gula 5-karbon). Ada dua tahap yang berbeda dalam jalur.

Yang pertama adalah tahap oksidatif, di mana NADPH yang dihasilkan, dan yang kedua adalah sintesis non-oksidatif gula 5-karbon. Jalur ini adalah sebuah alternatif untuk glikolisis. Meskipun tidak melibatkan oksidasi glukosa, peran utamanya adalah anabolik daripada katabolik. Untuk sebagian besar organisme, itu terjadi di sitosol, dalam tanaman, langkah paling berlangsung di plastida.

Mr. Puing : ¨menurut kalian manfaat mikrobiologi dan produknya apa saja?¨

     Jawab : ¨ pertama, sebagai biokonversi. Artinya sebagai media yang mengubah suatu molekul menjadi molkeul lama. Terjadi pnggabungan substrat dan mirobanya. Contoh pak! Singkong ditambah ragi menjadi tape.

Kedua, media biokonversinya. Jika tadi tape mikrobanya dimakan juga, Semarang mikroba dapat dimanfaatkan juga untuk media penumbuhan, contohnya penicilina.

Ketiga,penghasil banyak senyawa. Mikroba yang memiliki enzim spesifik akan menghasilkan metabolita yang tidak ditemukan di makhluk lain pak!¨

Mr. Puing : ¨siapa yang dapat menyebutkan sumber mikrobiologi dan tolong dijelaksan! ¨

Jawab : ¨1. Bakteri (dari kata Latin bacterium; jamak: bacteria)

adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi. Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit, sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan, pengobatan, dan industri. Struktur sel bakteri relatif sederhana: tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Hal inilah yang menjadi dasar perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih kompleks.

2. fungi

Fungi adalah nama regnum dari sekelompok besar makhluk hidup eukariotik heterotrof yang mencerna makanannya di luar tubuh lalu menyerap molekul nutrisi ke dalam sel-selnya. Kalangan ilmuwan kerap menggunakan istilah cendawan sebagai sinonim bagi Fungi.

mikro fungi

makro fungi

3. Streptomyses

Streptomyces adalah bakteri gram positif yang menghasilkan spora yang dapat ditemukan di tanah. Bakteri ini nonmotil dan berfilamen. Selain ditemukan pada tanah, bakteri ini juga dapat ditemukan pada tumbuhan yang membusuk. Streptomyces dikenal juga karena memproduksi senyawa volatil yaitu Geosmin yang memiliki bau khas pada tanah. Streptomyces termasuk ke dalam golongan Actinomyces yaitu bakteri yang memiliki struktur hifa bercabang menyerupai fungi dan dapat menghasilkan spora.